Der NCT/UCC Dresden Lenkungsausschuss besteht aus insgesamt sieben stimmberechtigten Mitgliedern. Das Deutsche Krebsforschungszentrum Heidelberg wird vertreten durch den Wissenschaftlichen und den Kaufmännischen Stiftungsvorstand, das Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden durch den Medizinischen und den Kaufmännischen Vorstand, die TU Dresden durch den Dekan der Medizinischen Fakultät und das Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf durch den Wissenschaftlichen und den Kaufmännischen Direktor. Der Lenkungsausschuss erörtert und legt im Einvernehmen mit dem geschäftsführenden Direktorium die Ausrichtung des NCT/UCC Dresden für strategische, infrastrukturelle, personelle und finanzielle Angelegenheiten fest.
In einem standortübergreifenden NCT Lenkungsausschuss arbeiten die Mitglieder der Lenkungsausschüsse des NCT/UCC Dresden und des NCT Heidelberg zusammen und treffen gemeinsam mit den Direktorien des NCT/UCC Dresden und des NCTHeidelberg wichtige Entscheidungen für das NCT als Ganzes.