Der NCT/UCC Dresden Trägerausschuss besteht aus insgesamt sieben stimmberechtigten Mitgliedern. Das Deutsche Krebsforschungszentrum Heidelberg wird vertreten durch den Wissenschaftlichen und den Kaufmännischen Stiftungsvorstand, das Universitätsklinikum Carl Gustav Carus Dresden durch den Medizinischen und den Kaufmännischen Vorstand, die TU Dresden durch die Dekanin der Medizinischen Fakultät und das Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf durch den Wissenschaftlichen und den Kaufmännischen Direktor. Der Trägerausschuss erörtert und legt im Einvernehmen mit dem geschäftsführenden Direktorium die Ausrichtung des NCT/UCC Dresden für strategische, infrastrukturelle, personelle und finanzielle Angelegenheiten fest.
In einem standortübergreifenden NCT Lenkungsausschuss arbeiten die Mitglieder der Trägerausschusse aller NCT-Standorte zusammen und treffen gemeinsam mit den Direktorien wichtige Entscheidungen für das NCT als Ganzes.